Il controllo del parassitismo interno dell'allevamento di pecore e montoni consente la piena espressione del patrimonio genetico degli animali, lo svolgimento adeguato delle diverese tappe della vita riproduttiva e il raggiungimento di un livello di produzione soddisfacente. Inoltre esso diminusice l'infestazione degli agnelli. Anche gli attacchi parassitari esterni (rogna, ftiriasi, miasi ecc.) possono danneggiare gravemente il livello di produzione dei riproduttori. Lo stesso vale per alcune malattie intercorrenti, più freuqneti negli allevamenti ovini da carne: la pedaina, le enzoozie da cheratocongiuntiviti infettive e le affezioni delle mammelle.
La valutazione dell’efficacia delle attività di controllo ufficiale svolte dalle Autorità competenti dovrebbe essere regolarmente condotta al fine di verificare l’effettiva garanzia dei Livelli Essenziali di Assistenza, di cui i controlli ufficiali per la sicurezza alimentare fanno parte, e di razionalizzare l'utilizzo delle risorse